所有的原水均含有微生物：即細(xì)菌、藻類、真菌、病毒和其它高等生物。細(xì)菌的一般尺寸為1~3μm，微生物可以看成是膠體物質(zhì)，可以按防止陶氏膜膠體污染《陶氏超濾膜在線過(guò)濾絮凝或助凝處理詳解》文中討論的預(yù)處理方法進(jìn)行除去，但它與無(wú)生命的顆粒不同之處在于他們有繁殖能力，適宜的生存條件下容易在陶氏膜表面形成生物膜。
微生物進(jìn)入反滲透膜系統(tǒng)之后，找到了水中溶解性的有機(jī)營(yíng)養(yǎng)物，這些有機(jī)營(yíng)養(yǎng)物伴隨反滲透膜過(guò)濾過(guò)程的進(jìn)行而濃縮富集在陶氏膜表面上，成為形成生物膜的理想環(huán)境與過(guò)程。陶氏膜元件的生物污染將嚴(yán)重影響反滲透系統(tǒng)的性能，出現(xiàn)進(jìn)水至濃水間壓差的迅速增加，導(dǎo)致膜元件發(fā)生“望遠(yuǎn)鏡”現(xiàn)象與機(jī)械損壞以及膜產(chǎn)水量的下降，有時(shí)甚至在陶氏膜元件的產(chǎn)水側(cè)也會(huì)出現(xiàn)生物污染，導(dǎo)致產(chǎn)品水受污染。
一旦陶氏膜出現(xiàn)生物污染并產(chǎn)生生物膜，清洗就非常困難。因?yàn)樯锬つ鼙Ｗo(hù)微生物受水力的剪切力影響和化學(xué)品的消毒作用，此外，沒(méi)有被完全清除掉的生物膜將引起微生物的再次快速的滋生。
因此微生物的防治是陶氏膜系統(tǒng)預(yù)處理過(guò)程中主要的任務(wù)。地表水比井水出現(xiàn)生物污染的機(jī)會(huì)要多得多，這就是為什么地表水、海水、廢水更難處理的主要原因。
